公司和员工本来是一个利益共同体，没有公司也就没有员工，有了公司一般都会有员工，有员工公司才能更好地发展，同时只有公司好了，员工的各种利益才能得到保障。从这个意义上来说，公司是员工发挥才能的平台，员工是公司兴旺发达的根基。
中国改革开放已经40多年了，在改革开放的浪潮中，每天都有大量的公司诞生，每天也有大量的公司关门停业，或是被注销。没有了公司，员工就没有了衣食饭碗，没有了员工，公司就失去了成长壮大的基因。一个发展得比较好的公司，都有比较和谐的劳资关系，一个能够健康快速发展的公司，都能自觉遵守国家的法律法规，正确处理公司和员工的利益关系，长期利益和短期利益的关系。
好的公司是在市场经济大潮中经过千锤百炼发展起来的，他们能经受各种惊涛骇浪，不畏风吹雨打，能凭借自己扎实的根基，化解各种危机和困难，能够扬长避短，越战越勇。对于这部分公司，充分调动员工的积极性，把员工作为公司发展的依靠和基本力量，能充分听取员工的意见和建议，尊重员工的主动性和创新精神。
当然即使是这样的公司也并不是所有的事情都做得非常好，世界上没有百分之百完美的公司，也没有一个公司会让员工完全没有意见，但是对包容度比较好的公司，是能够倾听员工的反面意见的，也能正确对待员工的投诉，有的还会对员工的投诉成立专门的部门，与相关的政府部门对接，将员工的投诉作为完善公司规章制度和改进管理的动力，这种类型的公司是不怕员工投诉的。
员工的投诉如果处理得好，就是对公司的一种监督和促进，员工作为公司的一份子，为了公司的发展，为了维护自身的合法权益，这是有权利投诉或是举报公司的。大度的公司不会对投诉者进行打击报复，在检查自身不足的同时，还是会认真反省，老板可能有时会不舒服，但这是也是没有办法的事情，谁叫你不好好遵纪守法呢。
对于有这样那样的问题的公司，最怕员工的投诉就是影响公司核心业务发展的事情，对于一般员工的比如社保的问题、医疗的问题，管理制度方面的问题，说句老实话公司是不惧怕的，毕竟这些涉及员工自身利益的事情，在公司不算大事，只要公司有心都是能解决的，也是非常容易解决的，而且也不回对公司的经营发展造成危害。
但如果涉及公司自身重大利益，或是涉及到公司长久发展的问题，核心业务问题，可能公司就比较在意了，公司在意的事情，就是最怕员工投诉的问题。比如我们以前在宁夏的一个公司，被员工投诉存在环保问题。这个公司的相关人员，私自将工厂产生的废水乱排，引发周围环境污染，这类问题一旦调查属实，公司有可能就会关门歇业，这肯定是公司最怕员工投诉的。
再比如公司违反知识产权保护，假冒名牌商标，制造和出售假冒名牌产品，以假乱真，以次充好；或是不为员工提供安全的工作场所，强迫员工危险作业，做法违反国家法律法规的事情，或是威胁员工人身安全等。对于这类问题一旦员工投诉或举报，都会对公司的生存发展带来致命打击，也是这类公司最怕员工投诉的。
综上所述，公司最怕员工投诉的问题，主要是涉及公司经营发展中违反国家法律法规的重大问题，比如安全环保问题、知识产权问题，侵权问题，员工人身安全问题等。是否还有其它问题希望朋友们在评论中进行补充和完善。