1908年11月15日，慈禧太后死掉，走完了她“霍祸”的一生。而伺候了慈禧半个世纪的李莲英，也在为慈禧守孝百日后，获准出宫归乡，黯然离开了紫禁城。
1911年3月4日，63岁的李莲英也走到了生命的尽头，死在了北京老家。据清宫档案的记载，李莲英是病逝的。
据说，因为李莲英生前风头太盛，所以为了迷惑仇家，出殡当天，李家族人一共从北京四个城门抬出四具棺材，分别葬在了四个不同的地方。而最后专家考证得出结论，北京六一小学的陵寝，就是李莲英的真正墓葬所在。
1966年，文＊革期间，为了积极响应“破四旧”的政策，专门派人开挖李莲英的墓葬。找出了李莲英的棺椁后，取出其中价值不菲的陪葬品，里面就只剩下一个头骨，再没有其他的任何躯干部分。
既然清宫档案记载李莲英是因病而亡，那么，棺椁里为什么只有一个头颅呢？民间开始流传出多种说法。
一、死于烟后痢
烟后痢，就是一种疾病，一种因为长期吸食大烟而形成的疾病。因为鸦片在吸食过程中，其毒素会慢慢侵入人的身体，破坏血液，神经以及各种器官。此病大多在秋冬之际更为严重，极有可能致命。
我们都知道，慈禧晚年时染上了吸食鸦片的毛病，而李莲英长时间的服侍慈禧，就很自然的也抽起了大烟，以致于得了严重的烟后痢，出宫之后缺乏救治而亡。
但是，即便李莲英真的是因为烟后痢发作而死，只是解释清楚了他的死因，也不能解释棺椁里为何只有头颅这一现象。
二、死于仇敌之手
常言道，出来混，总要还的。纵观李莲英的一生，能够官居二品，达到了任何太监都难以企及的高度。可以毫不夸张的说，他是历史上最成功的太监之一。
成功的秘诀，完全得益于他的乖巧圆滑和八面玲珑。李莲英“事上以敬，事下以宽，如是有年，未尝稍懈”，在皇宫内外都有着极好的人缘，上与慈禧，中与群臣，下与奴仆，都相处融洽，和谁都没有深仇大恨。
即便是慈禧最大的敌人，那个被她打得满地找牙的光绪皇帝，在死前都说“李俺答不负我”。所以，李莲英死于仇敌之手，貌似也不至于。
三、死于革命党
这种说法，可信度更低。因为，革命党人再不堪，也没必要找一个已经退休回家养老的太监下黑手。
何况，李莲英虽然是太监总管，但说到底还是太监。他无非就是陪慈禧遛弯儿，梳个头，听个戏，逗个乐，没有机会得罪革命党人。
四、死于劫杀
据说，李莲英的族内，有个侄女远嫁到山东。李莲英出宫以后，为了排解心中的落差，去山东泰山游玩，之后还顺便看了看侄女。
在回京的途中，到达山东与河北的交界处时，被当地的土匪劫财杀死。随行的两个佣人，见状早就吓破了胆，没把尸体直接运回，只把头颅割下先带回了北京报信，尸身则就地掩埋。
后来，再派人寻找尸身时，早已无法找到准确的埋葬之地。因此，在北京下葬时只把头装进了棺材。
五、死于“小德张”
李莲英在临死的当天，曾接到过江朝宗的请柬，约他前往什刹海赴宴。当时的宴会之中，除了江朝宗和李莲英外，还有太监“小德张”。
李莲英在回家的途中，被杀手杀害并割下头颅，躯干却不知去向。当时，盛传“小德张”与李莲英早就不睦，具有重大的作案嫌疑。
但实际上，“小德张”和李莲英的年龄差距很大，不是一个阶段的人。而且“小德张”是在隆裕太后宫里当差，并没有服侍过慈禧。他的发迹，是在李莲英退隐之后才开始的，二人几乎没有多少交集，更没有利益冲突。
直到现在，李莲英的真正死因仍然迷雾重重。